L'abadia de Cuixà deu el seu origen a l'abadia de Sant Andreu d'Aixalada, fundada cap al 840 i situada al capdamunt de la vall de la Tet.
Al juny del 879, Protasi i Miró el Vell van signar l'acta de la fundació del nou monestir, en què Cuixà ampliava el seu patrimoni amb l'aportat pel monestir d'Eixalada. L'abadia va continuar beneficiant-se de la protecció dels comtes de Cerdanya i Conflent, territori que estava sota el domini de la família de Guifré el Pilós, comte de Barcelona.
El 1008, Oliba, l'últim fill de Sunifred, és triat abat de Ripoll i de Cuixà, i el 1017 serà nomenat bisbe de Vic. Durant el seu abadiat es va transformar totalment el monestir de Cuixà. Oliba va ser un home de gran prestigi. Va viatjar a Roma i va proclamar la Treva de Déu a la diòcesi d'Elna el 1026. Va morir a Cuixà el 1046.
Al començament del segle XII es reconstrueix el claustre amb 63 columnes de marbre i capitells esculpits, els motius dels quals són vegetals, animals i d'escenes heroiques. Així mateix es construeix una tribuna de marbre dins l'església. Aquestes obres es deuen a l'abat Gregori, que va ser triat arquebisbe de Tarragona el 1136.
Els períodes següents de l'Edat Mitjana no són pròspers per a Cuixà i no es renoven els edificis de l'abadia. No obstant això, la riquesa de l'abadia és evident, amb un domini territorial realment important i una jurisdicció "quasi episcopal" sobre una quinzena de parròquies repartides entre les diòcesis d'Elna i d'Urgell.
La vida monàstica, encara que en precari, continuà fins a la Revolució Francesa. L'abadia desapareix: els seus edificis són venuts i s'hi instal·len naus industrials i agrícoles. Al llarg d'aquest segle, els edificis del voltant de l'església van malmetent-se a poc a poc; el claustre és venut, capitell a capitell, el mateix que la font, als antiquaris i col·leccionistes, el 1908 no en queden més que dotze columnes. Aquestes adquisicions donen origen a la reconstrucció del claustre, al Cloisters Museum de Nova York i allà seguirà.
El 1919, Ferran Trullès va comprar l'abadia i hi va reallotjar els cistercencs de Fontfreda, que havien abandonat l'Estat francès a l'època de les lleis sobre les congregacions. Els cistercencs s'hi van instal·lar i van ser substituïts, el 1965, pels benedictins de Montserrat. A la dècada del 1920, l'abadia va ser objecte de diverses campanyes de restauració dutes a terme pels serveis dels Monuments Històrics. El 1936, les obres són dirigides per l'arquitecte i arqueòleg Josep Puig i Cadafalch. El 1954 Pau Casals, en aquesta església que encara no té sostre, inaugura el Festival de Música Clàssica de Prada. El monestir es va cobrir el 1957.
El Monestir de Sant Miquel de Cuixà, ha estat elegit per votació popular com una de les Set Meravelles del patrimoni cultural material de Catalunya, així que avui es una visita obligada aprofitant les vacances d'estiu.